次，左手順時鐘轉三圈，表辟除。
次，右手逆時鐘轉三圈，表結界。
次，順時鐘繞身體轉三圈，表擁護。
次，普巴杵在兩手間左、右、左拋三度，代表明王堅固不動的金剛性與極度活躍的跳躍性。
最后，再左右轉，一邊轉動，一邊誦持普巴金剛咒。
修持普巴金剛法時，發動中脈、左、右兩脈氣機的鑰匙是：首先，需把心靜下來，身、口、意三業清凈，如是方能開顯此三脈的智能氣，如是氣也才能入脈。
然后，心中無念，隨心意自然、舒適、安樂、隨順地轉動普巴杵，慢慢地使心寂靜下來，契入普巴金剛觀想意境的覺受里。
然后再繼續持誦，一邊住心于斜上方的虛空中，也就是本人心中的空境，感覺虛空中有普巴金剛的種字或咒鬘；然后隨著持誦真言，使心極度柔軟、舒適地抒展開來，慢慢地空中的種字化現成普巴金剛，量等虛空。
然后再繼續持誦，使整個人陶醉在本尊性德覺受里，然后接著左手持普巴杵右轉三圈，觀想本尊實施辟除；右手持普巴杵左轉三圈，觀想本尊實施結界；然后再順時鐘繞身三圈，觀想本尊擁護行者。
最后，普巴杵在兩手間左、右、左拋三度，代表明王堅固不動的的金剛性與極度活躍的跳躍性，也是智能火光的活躍性，疾速摧毀、降伏一切，讓本人疾速地獲得真正的智能。
此時本尊發出無量的智能光氣，本人整個人也籠罩在本尊的三昧中。
如此幾次修持后，本尊的感覺越來越清晰，乃至與本尊合為一體，契入“我即本尊，本尊即我”的境界。
接著再開始在心中觀修普巴杵在脊椎里轉動的修持法。
普巴杵在脊椎里轉動，就像鉆石油井般，如螺旋似地一直鉆下去，當鉆到石油時，石油就往上噴出來。
普巴杵就像鉆石油井的鉆子，延著脊椎一直鉆下去，一直鉆到尾閭的長強穴。
如此又像攪碎機般，把所有的輪脈都攪碎（輪脈是所有業力和能量的聚集所），當攪碎后，普巴杵前端中間尖尖的像吸管般，把所有業力全部吸出來，往上沖，化出去供養本尊。
此法就像真言宗的護摩修持，把業力供養本尊，本尊吃了以后，再由本尊的心火將之化成智能火光，再上供十方諸佛。
然而，業力如何供養呢？眾生才有分別，諸佛早已證入空性，一切本來就是虛幻的，沒有善、沒有惡，也沒有業力的分別。
所以，供養時經由本尊的火光，焚燒眾生的業力，契入空性，成為空光一片，供養十方諸佛，供養自性。
如此業力供養的修持在佛法理念上是行得通的，是一種修氣的方法。
不過行者應知，在普巴金剛法實修時，唯有如此理趣（修心）與修氣（修身）兩者相互呼應，才能契入如實的境界。
這有三點要注意，一是轉動的普巴杵由梵穴心插入到尾閭時，身心不見只剩中脈或安住在普巴杵里面。
二是普巴金剛是高大身與我合為一體。
三是心輪位置觀想有一個種字發光。
觀想時三要點要合一，而且心氣要流暢整個脊椎，隨著普巴杵的轉動，氣旋轉著向四面射出去，氣的極致即是光明，光明中又有無數的普巴杵射向無盡的虛空中。
如此觀想，若自身覺得有障礙時，可以再恢復到前面所學的基礎觀法，將普巴金剛現在己身面前修持，等到基礎穩固、心氣順暢時，再將普巴金剛收回到自身上。
有時行者不可受一個觀想法的局限，應視實際情況需要，應變調整選用上述合適的觀想法來修持。
剛開始修持時，要先隨意唱誦讓身心寬松，當心氣調順后，再隨心力所及觀想安住，一直到身心安穩、輕安、清凈自在。觀想的重點是不要把本尊當作是如人體般，而要把他當成是由功德智能氣所組成的光體。
修持普巴金剛法是本人從頭到尾皆動，但心不可動，而是觀想在氣脈內。
當住心普巴杵在中脈內轉動時，此時動中有靜，脊椎會發熱爆發出某種爆發力，此時靜中有動。
此內心不動即是安住，安住即能住氣，能住氣才能聚氣，如是才能收攝一切念頭，令心長久安定在更深沉，更微細之處。
應知禪定與觀想并不相沖突，因為住氣攝心到極限時，會生起住而不住，無所住而生其心的境界。故安住在氣里住而不住，連安住點也沒有了，隨著身心的松弛，氣就會愈深沉。
此刻唯有完全投入、融入安住在本尊慈悲光氣里，以其誓愿力、功德力加持的境界中，一直松開，一直放下思緒、煩惱、我執的情境中，一直到無所放，完全投入在無所住而生其心的境界中。
普巴金剛法修觀完畢時的觀想要點有兩點，一是將全部普巴杵收攝回到身上每一毛細孔中。
二是觀想自己成為普巴金剛。
普巴金剛秘傳的修本心法，首先觀想心輪中，由空性現一黑藍色“吽”字，從“吽”字發出非常明亮之五彩智能光。
剎那間自身轉化本尊，普巴金剛心化本尊之心。
普巴身現藍色，具有三頭、六臂、四足、雙翅，每一頭有三眼共九眼。
面涂三色，表三毒清凈。
右頭白色，表文殊菩薩之忿怒相－－大威德金剛，為諸佛身的代表。
左頭紅色，代表阿彌陀佛(或觀音菩薩)之忿怒相－－馬頭明王，為諸佛語的代表。
中間黑藍色，表大勢至菩薩之忿怒相－－金剛手菩薩，為諸佛意的代表。
每頭內各有四雙獠牙突出、二牙向上、背后生出翅膀，好象非常銳利的劍身。
背后燃燒著代表智能的火焰。
右第一手持天鐵制九股金剛杵。
鐵質象征忿怒、九股表盡三界九乘一切眾生。
右第二手持金制五股杵。
金的材質象征喜樂、五股表轉五毒成五智。