陶侃于江中設置數百枚水雷，陸續引燃后，爆裂開來，給周邊晉船造成了極大的損害，別說走舸等小船了，激浪即可傾覆，即便蒙沖斗艦甚至樓船，近距離挨一下，船舷也可能碎裂，產生短時間內難以封堵的破漏。
——這也算是彭曉之功了，經過他的反復試驗，已然大大增強了黑火藥的爆炸力，并在裴該的授意下，將燃燒藥和爆炸藥明確區分開來。
于是晉軍舟船，便在一聲繼一聲的驚雷震響中，陸續破損甚至于傾覆。更要命的是，雷區基本上固定，但晉軍船隊則是在前進中的，于是從陣首逐漸向陣列中心炸響，最終竟連王敦的坐艦都未能幸免。
王處仲及時下令放錠停船，重整隊列，但艦隊正在順水航行之際，不是你想停就馬上能停下來的。于是前軍多敗，中軍急停，后軍就勢撞將上來，導致陣列更為混亂。一時間舟船翻覆的、傾斜的、相撞的，亂作一團，水兵陸續驚呼著躍入水中，以期泅渡上岸，脫離這一片莫名其妙的死地。
好在水雷數量終究有限，而晉船數量龐大，即便全數順利爆炸，且一雷專炸一船，也不可能全都分配得到——當然啦，對于那些小船，往往一雷炸響，周邊數丈之內，數舟傾覆——倘若給王敦以足夠的時間，是應該能夠重整軍勢，雖遭大損而不至于崩潰的。
只是陶侃會給他足夠的時間嗎？
陶士行早就做好了準備，并且計算好了時間，他使小部繼續對戰沈充，而親將主力回轉身來，揚帆搖櫓，航向上游，恰好在“雷”聲已息，而晉船混亂未收之時，洶涌殺至。照理說逆水行船，戰斗力要遠不如順水之敵，但問題晉舟多覆，哪怕沒有破損的也都忙成一團啊，以整擊亂，豈有不勝之理？
更重要的是，直到這會兒，晉兵還搞不明白究竟發生了什么事兒呢。他們從來連聽都沒聽說過火藥武器——部分將領可能通過來自北方的情報，心里有些數——但聞雷響，船便大震而覆，都以為是什么鬼神之力，基本上全都嚇破了膽，哪里還能執弓矢、戈矛御敵啊？
由此晉軍大敗，王敦幾乎不能幸免——他乘坐的是大樓船，掉頭為難，被迫與錢鳳等換乘斗艦，才以自家破損的艦船為盾，狼狽逃出生天，一口氣跑回武昌去了。王應的位置比老爹要靠前，所乘樓船本來就中雷破損了，復為華船上大拍桿直接擊碎艦首，乃翻覆落水，為華兵所擒。
至于其副將，也是姑夫鄭澹，則受創落入江中，沒能活著撈起來……
陶侃既破敵軍主力，隨即回師，再戰沈充。這會兒武昌、柴桑舟師大敗的消息也傳了過來，導致蕪湖方面士氣大落，兵無戰心，沈士居無奈之下，只得棄守東下，去會合鄧岳守備石頭城了。
這時候華朝中、西兩路兵馬，已然水陸并進，攻克了沙羨，迫近武昌。武昌城內，一日三驚，直到王敦歸來，人心才稍稍安穩一些。
王敦使人往覘華軍動靜，回報說帆檣遮天，旌旗蔽日，不下五萬之眾。而王敦點檢武昌內外兵馬，只剩下了戰船不足三百、步卒將將萬余……
其掾何充勸說道：“事不可為矣。今明公以敗殘之軍，欲遏華人東來尚且為難，況乎重整旗鼓，往救建康啊？若建康陷，則明公既失大義，士卒亦無戰心，到時候晉王命一介使來釋兵，明公何以自處？不如就此歸降于華，或者華主顧念明公清華顯貴，前朝武皇帝之婿，曾為國家鎮定江南，而肯善待之……”
錢鳳在旁呵斥道：“我等皆為晉臣，次道何出‘前朝’之語？！”
何充亦戟指錢鳳，喝道：“晉早已禪華，如何不是前朝？天下大勢，原本分明，都是汝等愚昧之人貪弄權柄，冀圖僥幸，乃陷明公于此艱危之地！今千帆東向，止百櫓敗回，汝為參謀，不知羞恥，難道還觍顏欲茍活于世上么？！”
錢鳳大怒，便欲拔劍來砍何充，卻被王敦給勸止了，說：“次道亦出愛我之心，方為此語，何必怪責啊？”終究何充是尚書、光祿大夫何楨之孫，論家世比錢鳳顯赫多了，那他又怎能眼睜睜瞧著錢鳳殺害何充呢？我再怎么寵信錢士儀，也總得講個士庶高下吧。
但他隨即又對何充說：“我既決心拒華，又豈能半途而廢啊？裴該于我為晚輩，我終不能向其屈膝。”于是打點精神，重整兵馬，固守武昌，以拒華師。
華軍水陸并進，主將乃是陸衍。按照原本的規劃，西、中兩路軍匯合后，陸衍即從甄隨指揮，待破武昌，航向上游，再受陶侃節制——沒辦法，甄隨名位常在陸衍之上，若陸和在，或尚可與甄隨相拮抗，陸衍是根本壓不住那蠻子的。
只是甄隨跑去江南打應詹了，陸衍就此獲得了指揮權，一路勢如破竹，直取武昌。舟師先至，王敦乘船來迎，逆水而擊，大敗華軍，焚毀包括一艘連舫在內的六十多條戰船——終究從巴中出來的船隊，論數量尚不如敗殘之晉師，而論起水兵素質來亦遠遠不如，最關鍵的，沒有能夠指揮艦隊作戰的能將主持啊。
陸衍聞報大怒，當即斬殺兩名校官以正軍法，隨即命舟船退守沙羨，他自將步軍自江南挺進，而命姚弋仲將騎兵自江北繞路，復從薊春西面涉渡，兩路包夾武昌。
武昌西北有來山，西南有鄂縣，與郡城呈犄角之勢，王敦分兵守護。雙方激戰四日，陸衍首先攻取了來山，即從山上向武昌城內發射火箭，迫使王敦只能閉門固守；又三日，與姚弋仲部相策應，攻克了鄂縣。
兩處險要既失，則武昌城有如甕中之鱉——倘若不是背靠長江，舟師尚能策應，估計不用打便自破了。但王敦亦非無能之將，便仗著舟師援護之力，堅守城池，陸衍竟然百計難克。
不久后，甄隨擊破應詹，遣歸蠻兵，亦向武昌而來，得訊大怒，說：“陸衍好不濟事，這般坐守之寇，竟然都拿不下嗎？”即命士卒砍木做筏，堆滿柴草，點燃了一大片一大片地往武昌附近江面上漂去，然而王敦嚴加戒備，亦使火筏不能建功。中游的戰事，就此陷入膠著狀態。
然而此時，陶侃已率船隊逼近了建康，沈充拼死來拒，但船數既寡，又當下游，根本就抵擋不住。最終他被迫乘坐小船，東逃到丹徒上岸，隨即領著數十家兵，逃回老家吳興去了。
剩下鄧岳獨木難支，被陶侃水師封鎖江面，先破白鷺洲，復壓縮于石頭城內。隨即水師便一船一船地，把江北華軍陸續送抵了南岸。
消息傳來，庾亮還欲奉司馬睿南逃吳興，往依沈充，但司馬睿卻說：“大勢已去，何必再讓孤受此顛簸奔躥之苦，江湖亡命之累呢？且沈士居豈是可信之人？！”正好華朝的勸降使節也到了，正是那位當年從建康狼狽逃躥出去的劉隗劉大連，他拍著胸脯保證，絕不會傷害司馬睿一家，司馬睿乃道：“大連我故吏也，絕不肯欺我。”就此肉袒自縛，領著王導、周顗等人出降了。
庾亮本不愿相從，還打算孤身落跑，劉隗派人去安慰他，說：“元規昔日寬縱之德，令弟稚恭已明告于我，則我必有報元規，不使罹罪——然元規若走，吾無能為力矣。”庾亮這才跟隨在司馬睿、王導身后，同往華營而去。
陶侃棄舟登岸，旋即出迎，親解司馬睿之縛，說：“微大王，臣無今日；且大王雖然拒江抗命，實為宵小所挾，非本意也。”司馬睿流涕道：“吾實感念陶公厚恩……”
他也明白，倘若華軍主將不是陶侃，而是那票北人——尤其是出身低微，從前不識其名，跟著裴該才得榮顯的北方將領——多半一登岸就會直接殺入建康城，而不會先派劉大連來勸降了。
陶侃言及“宵小”之時，王導、庾亮等皆不敢抬頭，且面有愧色。隨即陶侃左右望望，問：“吳興王（司馬充）既在，何不見太妃啊？”不等司馬睿回答，他急忙又道：“也是，吾當親往拜謁太妃。”
臨行前商議如何處置江南諸人，裴該的意思很明確：“南人任卿所為，北人皆當送歸洛陽，由朕處置。”他不打算多所屠戮，尤其王導等人勉強也算可以受任郡縣的人才了，殺之可惜；則僑客只要全都押歸中原，而又不許歸籍，別擇地方安置，就等于掘了他們的根啦，還能夠再形成一大勢力，從而影響到國計民生嗎？
從此天下，唯有太原王，而再無瑯琊王也。
至于南人，主要指的是江南豪族，那根兒就不怎么好掘了，只能先阻止他們奪占僑客北歸之后空出來的土地，再設謀徐徐削弱之。倘若過于苛待南人，恐怕會引發江南地區的局面長期不得穩定，甚至于南北之間的仇恨——你光顧著老百姓沒用啊，老百姓太容易被地方豪族所裹挾了。
然而陶士行本身就是南人，則他不管是出于公心也好，為報私仇也罷，想要挑一些豪族出來顯戮以立威，裴該是樂見其事的。
此外，裴該特意關照陶侃，說：“絕不可傷及朕姑母，當奉其還洛，與朕相會。”
所以陶侃在受降之后，領兵進入建康城，就第一時間跑去吳興王府別院，拜謁太妃裴氏。裴氏命裴仁出來擋駕，說：“晉已亡，則吾唯一老婦而已，豈能克當陶公之拜啊？”陶侃請裴仁轉述其言，說：“夫人為天子姑母，天子無日不思念夫人，乃至垂泣，于其孝心，臣等亦感同身受。天子有命，請夫人過江，赴洛相會，夫人勿辭。”
裴氏回復道：“我司馬家婦人，不應再歸父族。”
陶侃則說：“今司馬家人，皆當入檻而押赴洛陽，司馬沖亦不能外。夫人若歸父族，臣當備華車，恭送夫人祖孫，歸與天子相見；若仍自居司馬家婦人，則請交出司馬沖來。”他不敢說你也應該以俘虜和罪人家眷的身份北歸，只是一口咬定了司馬沖。
裴氏至此，才終于不再矯情了，于是召陶侃入見，隨便對答幾句，并且希望陶侃于路善待司馬睿等人。陶侃應諾后，便即備下車乘，派劉隗、劉遐押送建康諸人北上。
當然啦，他沒把司馬睿乃至王導、庾亮等人全都塞進檻車里去，只是各家子弟、眷屬，乃至奴婢，好幾千人一并啟程上道，難免哭號灑淚，聽著也挺讓人鼻子發酸的。司馬睿在車中哭道：“是吾不德，乃至僚屬如此，吾豈能再安居車中啊？”執意要出來，跟旁人一起步行，卻被劉遐質問他：“閣下不愿坐車中，乃欲尋機逃亡么？”司馬睿這才不敢再多事了。
事先陶侃便請司馬睿寫下敕書，命鄧岳、王敦等人放下武器。鄧伯山得敕后，放聲大哭，但也只得打開石頭城，率部出降。再數日，敕書入于武昌，王處仲仰藥自盡，錢鳳、何充等降于甄隨。
甄隨接受了何充的投降，同樣將其并家眷等一起押送洛陽，但根據陶侃的命令，當即將錢鳳于軍前處斬——因為據說，王敦之所以抗拒王師，就全都是這個錢鳳挑唆的。當然啦，王敦自有主意，僅僅錢鳳一人，是不可能搖其心志的，可誰叫錢鳳最受其寵信，又曾經殺刁協而逐劉隗呢？劉大連在出征前就懇求過裴該，說：“臣從定江南，無他愿，唯請族錢鳳、沈充。”
裴該當時的回復是：“婦孺無罪，而何言‘族’啊？唯彼二賊之頭，朕必為卿取下，以告慰刁玄亮在天之靈。”
再說沈充逃歸吳興后，還打算召集家兵據守，卻為吳興太守張茂張偉康誘捕，押赴建康，陶侃即下令斬首示眾。
陶侃在江南時，因為出身低微，好不容易爬將上來，平素最是與人為善，除了痛恨王敦外，在南方沒有什么仇家，故而只從裴該之命，顯戮錢鳳、沈充，沒再追究第三個人——實話說裴該聽聞后，多少有點兒失望。
但“江東之豪，莫強周沈”，如今周氏已亡，唯余沈氏，此前即為晉癰，日后也恐為華朝之患，所以陶侃命陸和兵進吳興，把沈家徹底給抄了，子弟家眷，第二批押解北去，莊客佃農，散為國家編戶。