在大換裝的基礎上，陳憲對軍隊的組成方式進行了大幅度的改革。
首先，他將步兵方陣中火槍兵的人數大幅度提升，達到和長槍兵一比一的比例。
一個步兵營的人數由原本的六百多人提高到了九百多人，其中四百長槍兵，四百火槍兵，他取消了步兵方陣中斧槍兵和劍盾兵。
在歷次的戰斗中，陳憲發現，這兩種兵種的使用頻率相對比較低，而且難以訓練。
火槍兵人數提高之后，就不能在布置在長槍方陣四角了，而是放在了長槍兵方陣的兩側，組成兩個和長槍方陣一樣，十排縱深的方陣，這樣的縱深，哪怕是用火繩槍，也能打出持續性的火力攻擊。
為了在受到騎兵沖擊時，更好的保護火槍兵，陳憲在火槍兵方陣的最外圍防止了一圈長槍兵，當作戰時，這些長槍兵將會蹲下來形成拒馬，火槍則在他們的保護下向外開槍。
陳憲還給每個步兵營配備了大約一百人的擲彈兵，這些士兵體格強壯，能夠將用鑄鐵制作的沉重手雷扔出去很遠。
這些擲彈兵除了配備沉重的手雷，還配備著精度較高的轉輪火槍以及刺刀，陳憲還對這些士兵進行了嚴格的射擊訓練和肉搏訓練，讓他們可以發揮更多的作用。
在陳憲的設計中，擲彈兵是方陣中的自由人，他們也是方陣的偵察兵和警衛哨兵。
陳憲考慮再三后，在馬步兵中也編制了一些長槍手，用來在作戰中保護火槍手，不過這種長槍手人數比例比較低，只能在火槍手外圍形成一圈的拒馬。
為了增強輕騎兵的作戰能力，陳憲別出心裁的制造出了轉輪打火的火槍。
轉輪打火，解決了火繩槍在馬背上使用的不便，讓輕騎兵能在馬背上也能方便射擊。
陳憲之所以要開發復雜又不可靠的轉輪打火裝置，一是為了推遲燧發槍暴露的時間，二也是為了積累一些技術，為將來發展鐘表制造業打下一些基礎。
之所以要發展鐘表業，一方面精確的計時和守時的觀念，對于工業社會來說，十分重要，另外，鐘表在航海上也非常重要，雖然不知道在自己的有生之年能不能發展處航海鐘這種航海里程碑式的東西，但至少也得朝這方面去努力。
轉輪打火設備并不復雜，和老式的打火機很像，一個表面有著類似老式硬幣外援齒痕的轉輪，轉輪下面安裝一個燧石，燧石下面有一個彈簧將燧石推著抵住轉輪，撥動轉輪，就能摩擦出火花，進而點燃火藥。
火槍的轉輪打火裝置中，轉輪的轉動力量由發條提供，士兵先上緊發條，然后扣動扳機，松開發條的鎖緊裝置，發條的勢能釋放，推動轉輪轉動，摩擦燧石，擦出火花……
發條的制造，陳憲采取了先用精煉的鐵片卷成型，在將鐵卷進行滲碳淬火……
推動燧石的彈簧用簧片代替，燧石打磨成柱狀，安裝在燧石桶里，依靠簧片和頂桿施加壓力，抵住轉輪。
這樣的裝置，對于陳憲目前的手工作坊來說，并不困難。
不過因為產量問題，這種轉輪火槍只供給輕騎兵和擲彈兵。
有了這種火槍，輕騎兵就能在馬上開槍和裝彈。
有了能在馬上使用的火槍，陳憲嘗試著讓輕騎兵訓練組成橫排，沖到火槍射程內，對著敵鎮打出一個排槍，然后調轉馬頭離開，重新裝彈，這種戰術已經接近后世十八世紀的獵騎兵了。
為了增加輕騎兵在追擊時的持續作戰能力，陳憲還給每個輕騎兵裝備了兩把短火槍，作為備用槍械，以及一把輕便的馬刀作為最后的武器。
這樣的輕騎兵有著訓練比較簡單，對戰馬要求不高，火力兇猛，行動迅速，機動性高，用途多樣的有點，補充起來也比較容易，不像弓騎兵，要花費大力氣才能訓練出來，還肯定不是蒙古騎兵的對手。
陳憲花費了半年時間才完成了這次軍事改革。
他一邊對軍隊進行改革，一邊招募新兵補充進增員后的軍隊，一邊擴大軍隊的規模。
在完全掌控了萊蕪縣的八萬多人口之后，陳憲自然就有了大規模擴軍的資本。
經過半年時間的招募和訓練，陳憲將軍隊擴大到了八個步兵營，七千多人，騎兵擴大到了兩千四百人。
陳憲對騎兵的編制是一百人一個連，四個連一個營。
這次他將每個騎兵兵種都擴編到了兩個營。
這樣一來，陳憲手下就有了八個步兵營，六個騎兵營，總兵力接近一萬人！
陳憲又將八個步兵營分別組成了兩個步兵團，一團團長由李石擔任，二團團長由張柏擔任。
除了軍隊的擴張和改進，在政府方面，陳憲也進行了調整，他將手中的地盤分為萊蕪和沂源兩個縣。
萊蕪縣令由陳憲自己兼任，他在萊蕪縣也成立了一套和沂源縣一樣的縣級政府機構。
在縣級政府機構之上，陳憲自封為魯山侯，組建侯國政府，在這一級政府，陳憲沒有成立督政院，而是由侯爵，也就是自己獨裁，侯國法院，侯國檢察院，都是侯府的下屬機構，審計院也由督政院的下屬機構變成了侯府的下屬機構。
之所以采取這種地方選舉自治，中央獨裁的的行政模式，是因為陳憲覺得，如果他太早的在上層實現選舉制度，會讓他建立的這個勢力會失去控制，而沒有陳憲親自把控方向，那誰也不知道這個勢力最終會發展成什么樣子。
陳憲還在侯府下面成立了將軍府，也由自己擔任將軍府將軍。
在將軍府下面，他成立了負責制定作戰計劃的參謀部，負責后勤補給的后勤部，負責武器裝備研發采購的裝備部，負責軍紀軍法的憲兵部，負責訓練的武訓司，負責軍官的考察，評定，升遷，調職的武選司，負責軍事情報的情報司……
當然，這些機構雖然建立起來了，但大多還是個空架子，還需要時間去明晰各個機構的職權范圍，逐漸豐滿工作流程，這些東西，陳憲不可能都去親力親為，他沒有那個精力和能力。