改革宗室的變法塵埃尚未落定，朝廷又頒《編戶齊民令》，拉開了全國新造黃冊工作的序幕。
戶貼黃冊的重新編制，為整個變法的基礎性工作，這項工作的成敗直接關系到后續變法的效果。
因此，在萬歷五年下發的變法大詔中，對于編戶貼這項工作直接寫清楚了違法后果：“凡官吏、里甲通同人戶隱瞞作弊，不行明白推行過割，一概影射減除余糧者，一體處死。隱瞞人戶，家長處死，人口流邊。”
大詔的宣貫過程中，這血淋淋的警告已經開始起作用：萬歷五年，各府、州、縣地方政府在上報本地基礎黃冊的時候，將土豪劣紳明睜眼漏隱瞞戶口的情況進行了全力彌補——結果造成上繳表格前后說不上話，邏輯關系無法解釋的占了九成還多。
這邏輯不通的統計表格當然不能上報朝廷，結果導致很多府衙在萬歷五年十二月的時候連續通宵加班，好多知府帶著縣令們陪著戶房胥吏一直干到大年三十，才勉強交了差。
因大詔說“以萬歷五年黃冊為本”，也有的糊涂地方官被胥吏糊弄，在上繳的黃冊上反向操作，導致當地萬歷五年的賦稅基礎不升反降。
這些求仁得仁的胥吏和糊涂官兒在萬歷六年大部分都得到了清算，朝廷繼萬歷五年張文明案殺得手軟之后，萬歷六年秋天，成千上萬在基礎黃冊上做手腳的胥吏被干凈利落“一體處死”，而串通他們隱瞞戶口的大戶，“家長處死，人口流邊”。那些糊涂官兒能解釋清的能得到免職待遇，解釋不清楚的，也要到刑場走一遭。
隨著《編戶齊民令》的逐步落實，東北、海南等地，很多被張文明案牽連的流放家庭，發現自家又有了好多新鄰居。而天下十七省的巡撫衙門里，編戶欽差的王命旗牌之下，殺得人頭滾滾，欽差們心理也逐漸扭曲，在民間傳說中個個都如同地獄中爬出來的惡鬼一般。
這些惡鬼和監視他們的錦衣衛，身后還有一雙雙布置在各地的暗子和明面上的巡視欽差瞪著通紅的眼珠子盯著，“人情社會”、“官官相護”這些潛規則在《編戶齊民令》下都不好使，因為皇帝不再給他們犯錯、辯解的機會，無論是誰，只要沾上了《編戶齊民令》的邊，吃飯家伙就要換個地方呆著。
變法開始了！盡管老百姓還呆在信息傳遞極其緩慢的社會，但每個人都能感到變法帶來的變化。很多貧民發現自家身邊的大戶被錦衣衛帶走后，很快就能在縣城城門上找到他的人頭，而伴隨著屠戮的，則是這家田地換了新的主人——大多是從緬甸、九邊返回的軍功地主。
整個帝國從南到北，田連阡陌的情況越來越少，很多掛靠在地主豪紳之家的“仆役”，搖身一變又變成了小地主，他們還從事著原來的種地工作，但是家中門上都掛上一個小牌子：“某省、某府、某縣、某村、某人，戶口編號”，和自家門上掛的牌牌一樣。
隨著各項改革伴在萬歷六年全面鋪開，朱翊鈞忙的腳打后腦勺。萬歷六年八月，呂調陽因年邁乞骸骨，以光祿大夫、柱國、少傅兼太子太傅、吏部尚書、建極殿大學士的官銜退休并授一等伯爵，馳驛。
呂調陽是朝廷改了爵法之后，第一位被冊封的文臣，以伯爵的儀制回鄉之后，他的身份不再是民，而是勛貴。
盡管這伯爵不世襲，爵祿只發到呂調陽去世，但對他來說，仍屬于超級光宗耀祖的體面。因為新法規定，對于在任期間工作平平的，在同級爵位中選低等授之。呂調陽能得一等伯爵，說明他的工作能力和操守得到了皇帝的肯定。
呂調陽一身正氣，“門無私謁”——換句話來說，他從不以權謀私，也不拉幫結派，具有很高的政治智慧。在嚴嵩當政期間，因為呂調陽的滑不留手，嚴黨也拿他沒什么辦法。
呂調陽歷經三朝，雖然沒有主導過大政，但作為一個執行力很強的人，在大輔助方面具有很強的能力。而且他性格沖和，有成績從不炫耀，也不愿意聽別人對他歌功頌德。被評價為：“所樹惟恐見知，所急惟恐見德。”
因此，作為新法出臺后，第一個被冊封的高官，朝野上下也非常關注皇帝會給予呂調陽何種評價。因為他的性格導致其政績不顯，所謂“人故無所藉以頌公”，因此很多人覺得呂調陽可能會以二等伯致仕。
沒想到皇帝給予呂調陽的冊封詔書中，對其作出極高的評價：“該員質行多長厚，斷斷乎有古大臣之風。”，認為他是當代的丙吉，“在漢丙吉，今也則呂調陽也。”
呂調陽一方面是因為身體確實支撐不住，另一方面對于疾風驟雨般的變法改革，也有些畏難之意，才上疏堅決求去。
結果接到皇帝的冊封詔書后，呂調陽這個十分重視自身道德修養的人竟愧而難當，上疏做了自我批評，堅決固辭一等伯之賞。朱翊鈞召他入宮，反復撫慰后，他才放下心理負擔，謝恩返鄉。
因為變法攤子鋪的很大，呂調陽致仕后，潘晟、馬志強先后以禮部尚書、吏部侍郎銜直入內閣。申時行、余有丁分別接任二人職務。
雖然王國光離首輔只有一個身位，但他老色胚本性難改，剛解除了戴罪圖功的處分，立即大肆操辦，半個月內一口氣連續娶了兩個小姑娘做如夫人，被御史和給事中彈劾的滿頭大包。其人品再次受到了強烈的質疑，節操也摔個稀碎。
如此一來，張四維已成為最有希望接替張居正的閣臣。而且他執行朱翊鈞旨意盡心盡力，從不打折扣，因此朝野判斷張四維簡在帝心，張居正兩屆總理大臣后，張四維最有希望接任。
萬歷六年年底，全國的黃冊、戶貼編制的第一步“摸底調查”完成，初步統計出全國人口一億四千萬以上，接近萬歷五年黃冊數據的一倍——若沒有大詔發布之后的急就章補報，可能會達到一倍半這個令人瞠目結舌的差距。
在帝國北方，嚴重的隱戶問題充分暴露。主要原因為存在大量的宗室和各地衛所的腐敗，大量破產之民或托庇于各大王府，或在衛所成為半農奴——導致長期以來大量人口沒有被納入統計范圍。
在帝國南方，男女人口比例失調則更加嚴重。明代中葉以后，貧富差距急速拉大，大量自耕農陷入貧困之后，因為“重男輕女”傳統觀念影響，為了保住香火傳承，在男女不能同時撫育的情況下，往往優先保存男孩，將女孩溺殺或者養幾年之后發賣。
到了嘉靖末期和隆慶時期，在南方部分地區，已經發展到“生男為榮、生女為恥”的地步，即便是富有家庭，也把女兒視為賠錢貨、外家人。
在浙江，紹興府、寧波府、臺州府、永康縣、溫州府和嚴州府等多地，因為“嫁娶尚奢侈”給百姓帶來了極大的負擔，導致溺殺女嬰成為一種司空見慣的風俗。
除了浙江，此際的南直隸、福建、湖廣、揚州府、江西吉安一帶，也存在大量溺殺女嬰現象，比之浙江不遑多讓。
溺殺女嬰的陋習的普遍流行，導致帝國南方人口出生率的降低——這與整個帝國南方負擔帝國賦稅的比例是正相關的，也是經濟基礎折射到社會關系上的一種反映。
此前，面對如是陋習，朱翊鈞也多次下旨，要求地方官移風易俗，用各種手段遏制嫁娶奢侈、溺殺女嬰的歪風。但是，溺嬰從本質上來說是經濟問題，更是貧富差距和經濟結構失調導致的社會問題，光禁止嫁娶奢侈并不能從根源上予以解決。而且，對于打擊溺殺女嬰的官府來說，此際新生兒的高死亡率讓他們近乎無法取證，只能每年抓些典型——于大勢根本無補。
現在，被統計上來的黃冊觸目驚心的揭露出來一個事實，整個帝國南方的男女比例達到了驚人的1.5:1，乘以八千萬人口，男性比女性多出一千六百萬，意味著近千萬適齡男子處在無法娶妻的狀態，這將對整個社會經濟造成巨大阻礙。