萬歷六年九月初八，皇長女出生，朱翊鈞十六周歲上就做了父親。對于上輩子并沒有孩子的他來說，這是一種極新鮮的體驗——仿佛自己又長大了一次。
其實按照他最初的想法，最好是等十八歲大婚并且生子，給天下萬民做一個晚婚晚育的表率。但是隨著他對大明帝國的了解逐漸深入，就越發覺得不能將親政的日子推到三年之后；
而張居正在原時空的壽命，也讓他感到時間緊迫，因為從治政能力和威望來說，張居正都是啟動并推動變法的不二人選。至于晚婚晚育榜樣的事兒——可由潞王和公主們代勞。
朱翊鈞對于皇后是心存愧疚的。一方面在莊靜嘉心智不成熟的時候讓她進入了深宮；另一方面，在莊靜嘉身體沒有發育完全的時候，為了讓她在自己突然駕崩后取得皇太后的身份，繼續推動改革，他還讓莊靜嘉懷孕了。
為策萬全，朱翊鈞一年來讓醫學院深入研究婦女生產技術。醫學院沒有受她啟發，就發明了產鉗等助產工具。也在積累了一些手術經驗后，試著對放棄希望的難產婦做側切手術和剖腹產手術。
即便在穿越者直接傳授了感染知識的前提下，因為麻醉和消毒手段的落后，側切術成功率不到七成，剖腹產手術成功率也剛到三成。
在民間，醫學院治療難產的名聲已經如同神靈一般。但對于朱翊鈞來說，這可怕的成功率和送死沒什么區別。無奈之下，在莊靜嘉臨產時，他竟然撥銀子，安排人到各處祈福。兩宮也日日念經禱告，祈禱皇后順產。李太后還專門下懿旨，把在五臺山的紫柏和憨山兩位高僧召來，在宮中舉辦法會祈福。
也許是神靈關照，也許是朱翊鈞讓皇后加強孕期鍛煉起了作用，莊靜嘉順產一個女孩，并未用上醫學院的手術室。盡管沒有生出兒子，但對于大臣們來說，皇帝皇后的生育能力得到了證明就足以讓他們上表祝賀，有些蛋疼的同時要求皇帝在后宮不要繼續專寵，以求廣種豐收。
在李太后多次警告，陳太后屢次勸諫下，朱翊鈞答應兩宮，皇后再次懷孕后，他將寵幸其他嬪妃，以廣子嗣——畢竟產后抑郁這類事情在后世散布的到處都是，他還想和莊靜嘉白頭到老，因此更要慎重些。
皇長女出生后，并未起名，滿月后就冊封為榮昌公主。榮昌公主的誕生，也讓后宮其他嬪妃無比眼熱。朱翊鈞連續發落了幾個引他在御花園、西苑等處“偶遇”嬪妃的身邊人，才保住了對莊靜嘉的“臨時忠貞”。
莊靜嘉對皇帝的專寵一方面很是陶醉，另一方面也壓力山大。朱翊鈞為了打消她的顧慮，只好告訴她自己希望皇長子也是嫡子——對兩宮他也是如此解釋的。
皇帝能在皇后懷孕和生產期間忍住下半身的沖動，也刷新了大明宮廷人士的三觀。李太后對比自家夫君，酸溜溜的跟陳太后抱怨，她中出了一個異數——看看世宗和先皇的模樣，簡直不敢相信皇帝是世宗的后人。
在皇宮內做法事的憨山和尚，是慈圣太后較為欣賞的出家人之一。
有明一代，佛教的發展和太祖頒布的宗教政策密切相關。太祖本人當過一段時間的和尚，對佛教管理中存在的弊端非常清楚。他建極以后，認為佛教既有消極的一面，也有重要的輔政作用，因此對于佛教是管理、利用相結合——至于他本人，廣造殺業的時候可沒有受到佛法的一絲一毫的影響。
出于便于統治和愚民的目的，并盡量減少佛教對生產生活的負面影響。太祖在佛教的推廣和管理上制定了細密的宗教管理制度和措施[注1]。
這些制度和詔令對中國的佛教發展起到了決定性的作用。有明一代，佛教在中國的發展既沒有像滿清和后世那般泥沙俱下，魚龍混雜；也沒有像在滅佛的朝代中那般，被打壓的無處容身。一直不溫不火，處于一種健康狀態。
雖然嘉靖時期，佛教因為皇帝崇信道教受到了巨大的沖擊，但隆慶帝信仰佛教，并在登基后糾正了嘉靖崇道滅佛的政策。至于他的兩位妻子，則崇佛到了癡迷的地步。尤其是李太后，原時空她的崇佛活動，直接在晚明時期讓佛教興盛到了隋唐之后的最高峰。
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在隆慶六年，剛秉政的慈圣太后會同馮保、國公朱希忠等權貴，向皇姑寺布施了一口大鐘。皇姑寺歷來與崇佛的明代宮廷關系密切，李太后布施大鐘實際上是向天下展示了當政崇佛的風向標。
李太后帶頭之后，立即在本就有一定佛教基礎的天下掀起了崇佛的風潮。“京師內外，多置梵剎，動費聚萬。”朱翊鈞穿越過來后，將李太后用內帑修造梵剎的興趣轉向了蒙古、寧夏和西藏等地。但漢地權貴為了巴結慈圣，布施寺田、金銀，遠超內帑在邊地的投入。
萬歷二年，禮科給事中梁式題《禁左道三條》，其中言：“今各處大小寺院庵觀，不可計數矣淫祠煽惑于民風。”又言“異端粉飾聲容以誑惑愚俗，未有如今日之盛也。”——若不是朱翊鈞攔著，李太后恨不能宰了他。
李太后對給事中可以喊打喊殺，但對張居正就不敢這樣了。作為套著儒家皮兒的法家門徒，張居正是絕對意義上的無神論者。
在張居正的支持下，禮部連發“禁左道”之令，重申日漸崩壞的太祖《申明佛教榜冊》，狠剎佛門無序發展的歪風。而萬歷初年的慈圣太后，對佛教本義也不是很清楚——拿內帑修碧霞元君的娘娘廟就是明證。
她面對當時佛門“逾越禮制”、“奢侈香蘸”的歪風也甚是反感。因此，對張居正有理有據的壓制不再反對。
朱翊鈞逐步掌握大政之后，李太后有了大量的時間禮佛，且深入的學習佛法，她比原時空更早的成為一個無比虔誠的佛教徒。
而中國的宗教，從未取得過中世紀教皇國那般崇高的地位。佛教徒無不深知，“不依國主則法事難立”，“沙門所作一切佛事，無非為國祝厘，陰翊皇度。”對自己的發展必須依靠皇權是心知肚明的。
作為皇帝的親生母親，慈圣太后受到佛門的高度重視。當時名顯天下的高僧，無不以到宮中講法為最神圣的使命。
萬歷元年，慈圣以“保國選僧誦經”為由，由僧錄司宣召高僧入宮講法，憨山即在其內。
憨山幼時頗有慧根，入法門修習佛法前，其師祖見他聰慧，反倒讓他先深研儒家、道家諸般法門，世事洞明的學問也讓他學，人情練達方面更有言傳身教。
如此一來，憨山剃度后如同開掛，一路勇猛精進，很快闖下偌大的名頭。因他深諳世情，為李太后講法時既能通俗易懂，又能鞭辟入里，將居士修行法門和境界講的清清楚楚，李太后大悅。
萬歷五年春天，憨山在修行中發愿，以皇帝當年刺血抄經，為太后祈福為榜樣，刺血泥金寫經，來報父母深恩。慈圣知道后大受感動，覺得憨山身體力行，打破了“佛教徒拋棄父母家庭，才能斷絕塵緣”的謠言，命朱翊鈞以皇帝的名義“賜金紙以助”。
同年秋天，紫柏、妙峰、憨山三大高僧，在五臺山舉辦盛大的祈福法會，祝禱皇帝子嗣綿長。這事兒更對上了李太后心思，她除了贊助布施之外，還發愿要在五臺山上修建釋迦文殊舍利寶塔，來保佑第一個皇子的降生。
到了年底，莊靜嘉懷孕的消息確認。李太后可不管親兒子做了多少努力，立即認定這是五臺山法會的作用，在崇佛的道路上越陷越深。
等到了莊靜嘉要生產時，李太后焉能不找最信任的高僧護法？因此，紫柏和憨山受命，從五臺山返回，在已經完工的仁圣寺日夜誦經祈福。等皇后順產，李太后對朱翊鈞說：“看吧，高僧念經，你媳婦順產，你還能說什么？！”朱翊鈞聽了，哭笑不得。
但是美中不足的是，李太后認為榮昌公主應該是個男孩。嗯，定是在某個環節出了問題，否則不應該如此。
有疑問當然要問，于是九月十九日觀音菩薩出家日，憨山大師就被接到養心殿，慈圣和皇帝要親自問問為什么這皇后頭一胎是女兒。