1641年7月5日，呂宋，馬尼拉城。
鄭芝龍所屬的水師艦船，除了二十幾艘中小型制的戰船繼續封鎖馬尼拉港口外，其余一百余艘大中小船只均已返回臺灣和泉州，以減少往來補給的困難。
三個月前，鄭軍水師大部，在漢洲三艘戰船的引領下，徑直朝林加延灣東北側的圣費爾南多小鎮駛去。
待船隊趕到小鎮附近海岸時，果然堵住了躲藏在此處的西班牙戰船。鄭軍水師先是放出十幾艘縱火船，大船盡堵住碼頭外側，以火炮、火箭遠程攻擊試圖外逃的西班牙戰船，眾多小船蜂擁抵近，靠幫奪船。經過一番激戰，鄭軍水師燒毀西班牙人兩艘戰船，擊傷并俘獲兩艘，但有一艘竟然沖破重圍，帶傷逃往外海，最后躲到蠔鏡（今澳門），托庇于葡萄牙人的保護之下。
殲滅了西班牙人的人海上力量，鄭軍上下均是松了一口氣，如此，茍延殘喘在馬尼拉的西班牙人最終覆滅，已經為時不遠了。
4月15日，經過十余天的挖掘，鄭軍陸師通過掘進的坑道，順利抵近馬尼拉港口區。在驅使數百抓來的土人在前充當炮灰，鄭軍火槍兵在其后與西班牙展開排槍對射，兩千余冷兵器部隊架著木梯四下圍攻，當日即破港區外圍所有護墻工事。
兩日后，鄭軍再次繼續驅趕數百土人不間斷地沖擊港區幾座小型堡壘，在付出三百余人的代價下，艱難攻克所有堡壘。碼頭炮臺的西班牙人自感難以堅守，將所有火炮毀壞后，迅速逃入馬尼拉城。
由此，鄭軍徹底控制了馬尼拉所有外圍要點，形成對西班牙人的四面圍困。隨后，鄭軍在馬尼拉四野抓獲了大量的土人，逼迫他們從外圍向馬尼拉外城不斷地掘進坑道，逐步逼近城墻。
馬尼拉城的西班牙守軍見狀，大為驚恐，日夜駐守在城墻上，不斷地用火炮轟擊挖掘坑道的土人，試圖恐嚇他們四散奔逃。但土人在鄭軍的嚴密監視下，不得不冒著城頭的炮火，亡命地挖掘坑道。好在，土人在被轟擊了數天后，稍稍變得機靈了一些，將坑道挖掘的又深又窄，使得城頭的火炮很難擊中他們。
在消耗了數百土人的的情況下，鄭軍挖掘的坑道蜿蜒曲折地挖通了馬尼拉外城的壕溝，直接抵達城墻附近。隨即，鄭軍陸師主帥陳暉發動了一次大規模的附蟻攻城，但被頑強的西班牙人擊退，未能完成破城。
陳暉對此毫不氣餒，不斷組織小股軍隊輪番騷擾西班牙守軍，試圖以自己的人數優勢，不斷的疲憊城內的敵軍。最終，在半月后的一個夜晚，以夜襲的方式，一舉攻上城頭，至次日天明，占領了馬尼拉外城。西班牙殘余守軍退守更加堅固的內城，繼續抵抗鄭軍的進攻。
攻破了馬尼拉外城，鄭軍士氣大振，對于西班牙人最后盤踞的內城，均認為克之不難，只是會稍稍付出些代價而已。
但休整數日后的鄭軍陸師在發起了幾次試探性地攻擊后，頓時集體失語了。無他，馬尼拉內城異常堅固，而且城墻也比外城高出許多，幾乎都是用巨大的條石砌筑。而且，因為內城的防守面積變小，使得西班牙人更能充分利用他們有限武裝力量。密集的火炮轟擊，不斷的排槍射擊，使得附蟻攻城的鄭軍和土人仆從死傷累累。
曾經十分有效的坑道進，在面對馬尼拉內城時，也失去了應由的效用。西班牙人在城墻外側挖掘了一道很深的壕溝，并將一條河水引入壕溝當中。若要強行挖掘坑道，勢必會被大量河水倒灌其中，根本無法通行。
可要是不挖掘坑道抵達城墻，那么鄭軍攻城士卒只能在西班牙人刻意留出的幾條狹窄通道穿過一段無任何遮攔的區域，抵近城墻。在此期間，鄭軍士卒會遭到城頭密集的火炮轟擊。
就算鄭軍士卒抵達了城墻附近，還要一段三十多米的土坡需要攀爬，如此仰攻之下，很容易遭到數個凸出的菱堡交叉火力的攢射。
陳暉無奈之下，只能停止進攻，并向全軍將士征集能攻克馬尼拉內城的方法。但一個多月過去了，四千余鄭軍頓足于城外，面對防守嚴密并異常堅固馬尼拉內城，毫無寸進，又恢復到數月前圍困西班牙人的模式當中。
六月東南信風到來，鄭軍主帥楊耿考慮到呂宋的西班牙人海上力量基本不復存在，水師大量船只聚集在此，不僅耗費甚多，而且也無多大輔助作用，遂將大部分船只遣回臺灣和泉州，僅留下少許船只往來馬尼拉和甲米地兩地轉運物資和人員。
與鄭軍聯合進攻呂宋的三艘漢洲戰船隨之也返回漢興島（今日本宮古島），準備與漢洲本土陸續到來的移民船隊展開一年一度的移民工作。但齊大江在離開時，將第五陸戰隊一百余官兵留了下來，以加強鄭軍的火器密度，并應對可能存在的馬尼拉攻防戰出現的意外情況。
對于如何攻克馬尼拉內城，連長蘇忠福也是一籌莫展，毫無頭緒。雖然，漢洲曾經攻克過帝力城、安汶、古邦等荷蘭與葡萄牙人的據點，也攻克過西班牙人的幾個城鎮。但說實話，那些戰例有許多僥幸的地方，有的是因為敵方大意，讓漢洲人鉆了空子，有的是因為有內應，里應外合一舉破城，還有的，則是城防并不是非常嚴密，憑借猛烈的炮火和悍不畏死的沖鋒，才堪堪拿下據點。
但馬尼拉內城的防御設施和堅固程度，還是遠遠超出了漢洲人的想象力度。別說鄭軍四千多人，即使來一萬人，也不一定能將其攻克。唯一的法子，只能這般長期的圍困。只是希望城中的西班牙人物資不要太充裕，防守的意志不要太頑強。
“長期圍困未嘗不可，但西夷不會束手待斃。據俘虜的西班牙人交代，他們在去年九月派出了船只前往他們位于東方的領地，試圖搬來救兵。若是西夷動作快一點，也差不多這個時候要來了。”陳暉站在漢洲的營地前，看著遠處的馬尼拉內城，面上帶著一絲焦慮，“你們漢洲人數次攻破荷蘭人、葡萄牙，還有西班牙人的據點。面對目前這種情況，就一點都沒辦法？”
“將軍，我們確實也想不出辦法來。”第五陸戰隊連長蘇忠福苦著臉說道：“我們是曾攻克過幾座西洋堡壘，但面對的所有情況均與這馬尼拉內城不一樣。這恐怕也是我第一次見到的最為堅固和高大的城池，而且，西夷火器眾多，上下也能一心，這委實有些難啃。”
陳暉嘆了一口氣，朝跟著過來的施瑯搖搖頭，我們數千人都想不出辦法，若要指望這一百多人的漢洲人，可就有些強人所難了。
施瑯無所謂的攤攤手，本來過來詢問一下漢洲人，也就是死馬當活馬醫。不過對于最終攻克馬尼拉，他還是報以樂觀態度的。城中的所有的西班牙人滿打滿算，也不超過兩千人，能湊出來的武裝力量也就非常有限。
而鄭軍雖然經過數月的進攻，損失了數百人，但軍隊人數還是超過了四千五百多人，大炮、火槍俱有。糧食通過對周邊土人部落的剿殺，也繳獲了不少，還有占據了甲米地和馬尼拉外城，再加上二三十艘小船往來溝通。即使西班牙人來了援兵，他們也不是很擔心。航行數萬里，耗時幾個月，西夷又能拉來多少人與他們作戰？
“那是什么？”施瑯看到幾個漢洲陸戰隊士兵正在將數十個鐵皮罐一一擺放在營地一處空地上，不由好奇地問道。
“我們擲彈兵用的手擲炸彈。”蘇忠福說道：“近日雨水較多，受了潮，兵士將其拿出晾曬。”
“手擲炸彈？……威力如何？怎么用？”施瑯問道。
“威力尚可。面對大群敵人時，擲彈兵用火繩將炸彈點燃，拋擲敵處，鐵罐破開，以碎片擊殺敵軍。方圓三五米之內，中者傷斃。”
“你們是將火藥塞入鐵罐之中，然后通過其爆裂來傷人？”
“不錯，是將火藥和其他助燃物，以及碎鐵片、石子等物塞入其中，利用火藥爆燃，破開鐵皮罐，散發碎片以為殺傷敵人。”
“鐵皮罐當中塞入火藥，爆燃后，就可輕易破開。若是，做一個巨大的鐵皮罐，塞入更多的火藥，豈不是可以弄一個威力更加巨大的炸彈！”施瑯笑著說道。
“當然，別說巨大的鐵皮罐，就是一座山峰，埋入大量火藥，也可以將其掀翻炸碎了。”蘇忠福說道：‘我們漢洲的礦場，有時為了采掘礦石，就會使用大量火藥爆破。’
“火藥炸山呀！”施瑯心中一動，“若是在一座城池底下，埋入足夠多的火藥，是不是可以將整座城市炸飛？”
陳暉聞言，怔住了，轉頭看著施瑯。
“將軍，我們要不要試試？”施瑯眼睛里冒著異樣的光芒。
“……試試！”陳暉臉上露出希冀的神情。
在經過了十幾天不斷襲擾佯攻后，鄭軍驅使土人亡命地在城墻處挖掘深淺不一大坑數個，其后又發動突襲，掩護土人背負數十桶火藥至城墻，在西班牙人驚恐的目光中，迅速點燃火藥。
隨著一聲巨大的爆炸聲，馬尼拉整個城市均感到一陣劇烈地震動，內城一段十余米的城墻瞬間垮塌。
鄭軍大聲歡呼著，蜂擁朝城墻缺口沖去。
歷時半年多的馬尼拉攻防戰，至此落下帷幕，西班牙駐菲律賓殖民當局所有官員均被鄭軍俘虜。
因為鄭軍數次派人進城勸降，論遭西班牙人拒絕，加之去年無端屠殺近萬明人。陳暉在命人挑出各類工匠、藝人、婦幼后，對所有西班牙人實施了五一抽殺，均斬首于馬尼拉城外八連明人隕難處。
包括西班牙駐菲律賓總督塞瓦斯蒂安·科奎拉以下主要殖民官員，盡數押解至泉州，由福建都督鄭芝龍親自處置。