10月2日，時隔五年后，大明官軍再次進入南京城，引來了全城數十萬百姓的熱烈歡迎。
昨夜一戰，城內守軍覃春禮部與何伯平部先后打開觀音門和太平門，將城外的明齊聯軍迎入南京城。隨著聯軍入城，清軍的防御瞬間崩潰，和州總兵丘越、除州總兵于永綬僅領少數親兵逃出南京城，祿口總兵楊守壯、副將趙大捷攜全軍投降。城中滿洲八旗除五百余甲騎奔逃出城，余者盡數被俘、殺在城中。
夜里，無數的潰兵趁亂搶掠居民，縱火焚燒房屋，及至天明，在齊國陸戰隊和李本深部明軍的大加約束下，先后斬殺百余名搶掠潰兵，城中內亂方始平定。
齊國軍隊在十余年來，不論是在南洋，還是在登來、山東，亦或在遼東，攻下大小城池不下數十個，但像南京這般數十萬人口的大城，尚屬首次。
進入城中后，所有的齊國軍兵都被這座規模巨大的城市所震撼。不說這座城市面積，就論人口的話，南京城比齊國漢洲本土所有的人口加在一起都要多得多。在接管部分南京城防后，更是被其堅固厚實的城墻、險峻雄偉的地勢而驚嘆。若非有守軍主動打開內外城的城門，聯軍即使連續攻城數月，也未必能將其攻破。
既然攻入了南京城，自然要開始對這座城市進行一番物資清理和轉移。南京作為江南核心，賦稅重地，城中積存的各類物資不計其數，讓一眾聯軍將領為之喜笑顏開。
僅城中府庫，就繳獲白銀一百三十多萬兩，銅錢數百萬枚，稻米、小麥等糧食就有百余萬石（明朝一石150斤左右），鐵、銅、鉛、火藥、甲具刀劍長矛等武器堆滿了數十座倉庫。
至于附逆投靠清廷的官員和清軍將領，一律遭到清算，除了民憤極大者被直接斬首示眾外，其余所有人就地關押，準備押解回登來，等待永初朝廷處置，其所屬家產也予以全部沒收，再加上從城中八旗官兵家中起獲的各類財物，計白銀三百二十多萬兩，黃金八萬兩，珠寶玉器、珍貴文物字畫無數。
攻克南京，聯軍可以說是獲得了此前難以想象的巨大財富和物資，永初朝廷和代表齊國的水師艦隊落了大頭，但所有的參戰官兵也在隨后數天時間里，均將自己的隨身挎包和行囊也塞得滿滿當當。
另外，聯軍在南京城中還俘獲了清廷委任的內院左理機務兼都察院左都御史、五省總督大學士洪承疇。昨夜，在數名家丁的護持下，試圖從南門逃出南京，但在途中遇到數十名抗清義士的阻攔，一番搏斗后，將洪承疇一行數人捆縛至明齊聯軍所在，讓帶隊的明軍副將韋世乾喜出望外。
要知道，永初陛下嘗與人言，“洪恩浩蕩，不能報國反成仇，為禍大明，荼毒天下，以亨九（洪承疇號亨九）為最”。若是能將此賊解于陛前，定能獲大功一件。
對于永初朝廷看重的洪承疇以及眾多金銀財物，齊國人卻是最重各類工匠、手藝人、郎中、學者以及海量的圖書典籍、歷代珍貴器物。
盡管當年在清軍還未攻占南京時，齊國人和福建的鄭芝龍就分別從龍江船場通過各種方式，挖走了若干船匠學徒，但對于這座大明最大的船場而言，擁有的工匠藝人和水手人數可是以萬計數。如今攻占了南京，齊國人如何會放過這個船場。
不管龍江船場所屬人員是否愿意，齊國出動千余陸戰隊和鄉兵，將其連同家屬全部打包裝運上船，隨同各類財富物資一起全部暫時運至崇明沙（今崇明島），等待后續移民船只慢慢轉運回本土。
10月2日，江北揚州、浦口等地清軍試圖乘船渡過長江，以援南京，在十余艘齊國戰艦的炮擊和沖撞下，近百艘艘清軍小船盡數覆滅與江中，落水溺斃者千余。
10月5日，駐太平府（今馬鞍山市）清軍楊捷部四千余人往援南京，行至秦淮河南岸時，遭到明齊聯軍直面迎擊，火炮、火槍數重打擊下，清軍大潰，遺尸千余，狼狽逃回太平府。
10月9日，駐常州滿洲八旗鑲黃旗一部六百余，督漢軍馬玉文部三千余人，經丹陽，走句容，前來支援南京。但在南京城安德門外，遭到明齊聯軍布設在雨花臺眾多火炮轟擊，將軍陣擊散，隨后又遭排槍射擊，大潰，損兵五百余，退往方山。是夜，聯軍以忠義軍為前導，投擲數十枚炸彈，一舉突入清軍臨時營地，并趁亂襲殺數名清軍將領，使得清軍全軍崩散，不復建制。
10月12日，駐寧國府（今安徽宣城市）清軍李棲鳳部三千余，經當涂、溧水來援南京，聯軍出外郭滄波門，先以數門3磅火炮轟擊，最后直接發起全軍突擊，擊潰清軍，俘總兵李棲鳳以下官兵五百余，斃傷六百，余者皆潰。
10月18日，武昌。
大清三等阿達哈哈番（乾隆元年，即1736，定漢字為輕車都尉）湖廣總督祖澤遠打開一份來自安慶傳送而來的急遞文書，剛剛看了幾眼，神色大變，勐地從座椅上站了起來。
“大人……”身側幾名總督府幕僚見祖澤遠臉上表情猙獰，渾身發抖，連忙輕聲詢問，“大人，莫非江南有變？亦或兩淮生事？”
“南京……被永初偽明聯合那齊藩攻破了！”祖澤遠將手里的文書遞給身旁的親信幕僚，“多羅順承郡王（勒克德渾）、五省總督大學士（洪承疇）、江南提督（張天祿）、蕪采總兵（卜從善）等數十位軍政要員均失陷于南京。……江南恐有巨變！”
“永初偽明遠在登來，如何會跨海過江，還襲破南京？”
“那齊藩小邦擁有眾多艦船，往來縱橫于江海湖泊，定然攜大軍攻至南京。齊國，乃我大清勁敵矣！”
幾名幕僚聞言，頓時沉默無語。那齊藩小邦一心扶助永初偽明，數次襲破我大清疆界，俘殺我大清官員兵士，還曾一度攻克盛京、遼陽，讓我大清顏面皆失，確實為心腹大患。
“大人，南京左近，駐有兵馬不下數萬人，可曾往援南京，以解江南之危？”
“常州府、太平府、寧國府，乃至江北的揚州、浦口，皆派援軍至南京，卻為明軍逐一擊破，損兵折將，已無力再援。”
“可是，湖廣之地，要應對貴州、廣西兩線作戰，轄下也無多余兵力調派至南京解圍。”
“目前，定南王（孔有德）攻至何處？”祖澤遠轉頭問道。
“回大人，兩日前，定南王來使報告，大軍已破湘桂交界處的要隘龍虎關，大敗偽明保昌侯曹志建，斬首一萬二千余，準備兵進灌陽，威逼桂林。”一名幕僚拱手答道。
“將此份急遞文書馬上送與定南王，讓他暫時止兵。”祖澤遠苦笑道：“若是攝政王得知南京事變，定會集結各方大軍，齊聚江南，剿殺偽明軍隊，收復南京。”
“大人，定南王已破龍虎關，指日可復全州、桂林，就是盡占廣西，想來也不過是數月的時間。若是貿然讓定南王止兵于灌陽，恐有礙廣西全局呀！”
“就算盡占廣西那又如何？”祖澤遠搖搖頭說道：“需知，江南已為我大清糧秣賦稅重地，若是一朝反復，讓永初偽明趁勢占了去，那可是會動搖我大清全局。”
半個月后，已攻破全州府的定南王孔有德收到湖廣總督祖澤遠送來的急遞文書，以及一封私人信件后，默然良久，隨即下令全軍屯駐于全州，暫時停止了對廣西的攻勢。
孔有德不知道的是，當他連克灌陽、全州、恭城，擊破曹志建數萬大軍后，駐扎于桂林的大明將領已是膽寒，執重兵在手的趙印選、胡一青、王永柞、馬養麟等將無心守城，分頭領部眾親兵護著各自家小，四散逃命。
整個桂林城，僅剩廣西巡撫瞿式耜以及他自蠔鏡（澳門）借得葡兵三百人于城中。
若是按照既有的歷史軌跡，孔有德將領大軍不戰而克桂林，然后斬靖江王父子、瞿式耜、張同敞（張居正之曾孫），在隨后一年時間中幾乎占領了廣西全境。
但因為明齊聯軍一舉攻克南京，生生將孔有德攻略廣西的步伐給阻在了全州。
10月22日，南昌。
大清一等精奇尼哈番、征南大將軍舒穆祿·譚泰將手中的文書狠狠地擲于地上，恨聲說道：“勒克德渾，孺子小兒！洪承疇，懦弱漢臣賊子！竟然失卻南京大城，喪師萬余，致使江南局勢為之敗壞，統統該死！”
廳堂中端坐的文武官員聞言，皆不敢出聲，眼觀鼻，鼻觀心，生怕大將軍暴怒之下，治罪于人。
去年，譚泰領大軍平定江西金聲桓、王得仁時，因為惱恨南昌軍民拼死抵抗近一年時間，遂下令屠城，二十余萬百姓死難，整個南昌城宛如鬼蜮。
“尚可喜、耿繼茂二人在廣東打得如何了？”看著一眾噤若寒蟬的文武大員，譚泰感到一陣舒爽，口氣也不由緩和起來。
“回大將軍，平南王（尚可喜）和靖南王（耿仲明因逃人法畏罪自殺，其子耿繼茂襲爵）半月前回報，廣州城防嚴密，城中守軍實力尚強，目前仍無法克之，所部大軍正在掃除廣州外圍，并加緊鑄造火炮，為最終攻占廣州創造有利條件。”一名漢八旗將領躬身答道。
“哼，我記得是今年正月初六，尚可喜、耿繼茂所部就已進抵廣州郊外。如今都七八個月過去了，怎么還在廣州城外打轉？莫非是想著養寇自重嗎？”
眾人聞言，頓時不敢接話，尚可喜、耿繼茂雖然分屬八旗漢軍鑲藍旗和八旗漢軍正黃旗，但畢竟還是漢人，從北方一路殺到廣東，擁兵數萬人，卻圍困廣州半年之多，仍未克復，由不得譚因此而忌憚。
“派人去廣東，知會尚、耿二人，江南有變，勿要在廣州城下徘回磨蹭了。”譚泰悶聲說道：“另，建議兩人抽調有力部伍，回返江西，以集聚兵力，剿殺南京之偽明大軍。”
“大將軍，平南王和靖南王是奉攝政王之命，會攻廣東。如此，二人恐會以將在外軍令有所不受為由，拒絕抽調部伍回返江西吧？”三等精奇尼哈番、滿洲八旗鑲白旗固山額真何洛會皺眉說道。
“……那就等著攝政王在北京發下令旨吧。”譚泰冷冷的看了一眼何洛會，心中很是不滿，此子一味逢迎攝政王，平日里對自己也不甚恭敬。自己為江南大局考慮，先調尚、耿二人部伍，聚兵于南昌，屆時，一旦北京發來會剿南京命令，豈不是省卻更多時間和精力。
但是，譚泰的征南大將軍之職隨著江西平定，自然也卸了這個差事，目前不過是暫時鎮守南昌，以鞏固和穩定江西局勢，對征廣東的尚可喜、耿繼茂所部，并沒有轄制權，更無發號命令的名義。
南京即破，江南必然生變，只要稍懂軍事常識的人都能看出來，我大清必須在最短的時間里，聚集數路大軍，迅速進入江南，收復南京，否則，整個南方局勢將會徹底糜爛而不可收拾。
10月28日，福州。
“侯爺，南京即破，清廷于江南統治基礎將受到極大的動搖和打擊。當此之時，我們福建鎮應立即強攻余杭、蘇松，將這一片膏腴之地納入我們福建鎮轄下。如此，在這亂世當中，我們據福建之險，控蘇松富庶之地，再加之我們強大的水師，當今天下，必有一席之地。”楊耿興奮地說道。
南安侯、福建總督鄭芝龍聞言，頓時連連點頭，笑著說道：“想不到齊國人當真助登來鎮官軍破了南京城。如此一來，江南整個形勢一片大好，正該我福建鎮擴展至余杭、蘇松之良機。”
“父親，我們除了往南攻略余杭、蘇松，還應再分出兩路兵勢：一路，出仙霞嶺，攻衢州、饒州，威脅南昌；一路以水師部隊往攻廣州，助力杜永和以抗清軍。如此，這兩地的清軍必然無法抽身前往南京，可為我攻占南京的大明官軍獲取更多的時間去鞏固當地的統治秩序。”
南安侯、福建總督鄭芝龍驚愕地看著自己的長子，臉上不由呈現出古怪的表情。
“大木，江西可是駐有清軍悍將譚泰，轄下兵馬近萬人，其中不乏精銳的八旗部伍。更加之，江西連年征戰，地方窮弊，即使占據幾個府縣，對我福建也無裨益，反而平添幾多負擔。”鄭芝龍語重心長地說道：“另外，廣州距離我福建千里之遙，且廣東總督杜永和麾下兵馬數萬之眾，何須我們福建往援。更何況，若是分出幾路兵勢，豈不是使得我福建兵力更為稀薄，如何再攻余杭、蘇松。”
“父親，攻略江西，乃是牽制清軍兵力，為朝廷官軍贏得緩沖時間，不為攻城略地和獲取錢糧。”鄭森說道：“派出一支水師往援廣州，亦為此理。否則，清軍必然會抽調廣東、江西兩地精兵，若是再加上江淮、河南、湖北等地清軍，屆時可能會有十數萬清軍主力調往江南，會攻南京。以登來和齊國掌握的有限兵力，恐無法應對。”
“大木，若以你之建議，我福建分數路兵勢，牽制幾地清軍兵馬，到了最后豈不是一無所獲，卻盡為他人作嫁衣裳？”鄭芝龍苦笑一聲，“雖如此，永初朝廷也未必會將我福建看做忠臣良將！……勿復多言，帳下依命行事即可！”
“父親，不謀全局者，不足謀一域！”鄭森急聲說道：“若要清軍奪回南京，平復江南，則余杭、蘇松豈能保住？”
“放肆！”鄭芝龍厲聲呵斥道：“黃口孺子，妄議軍政，自以為多讀了幾本兵書戰策，就敢來教我如何用兵！……且退下！”
在鄭芝龍的目光的嚴厲逼視下，鄭森心中長嘆一聲，無奈地拱手施禮，退出了軍議大廳。